Oprogramowanie ProfLab posiada wszystkie niezbędne mechanizmy księgowo-rozliczeniowe, dzięki którym użytkownik ma możliwość wystawiania faktur oraz rachunków zarówno dla Klientów indywidualnych jak i kontrahentów na stałe współpracujących z laboratorium. Dla ułatwienia pracy moduł księgowy może automatycznie dla każdej wystawionej faktury drukować wcześniej zdefiniowane zestawienia oraz raporty. Moduł pozwala również na naliczania i automatyczne przyznawanie indywidualnych rabatów w wariancie rabatów stałych jak i dynamicznych (np. po przekroczeniu pewniej kwoty).